Avant sa fondation comme paroisse en 1868, Anse Boileau était desservie par les Pères Théophile et Matthias qui venaient depuis Anse-aux-Pins. Il y avait alors une chapelle près du pont Bâillon. Père Martin, curé, construisit la première église et la cure.
L’Eglise actuelle fut construite par Père Gabriel Zelger en 1910.
Le reposoir sculpté au-dessus de l’autel, est l’oeuvre de M. Jean Pool.
L’église fut rénovée en 2001.
Les Soeurs de Cluny furent à Anse Boileau de 1894 à 1989.